Музейное собрание является научно организованной совокупностью предметов основного (музейного) и научно-вспомогательного фондов, обладающей системой средств научно-информационного обеспечения их учета, хранения, изучения и использования.
Основу музейных фондов составляют музейные предметы — памятники истории и культуры. В фондах МБУ ИИКМ находится 17 207 единиц хранения, в том числе основной фонд составляет 14919 единицы, научно — вспомогательный 2288.
Основу фонда МБУ «Исилькульский историко-краеведческий музей» составляют коллекции документов, фотографий, нумизматики, этнографии и др. Формирование коллекций осуществляется сотрудниками музея, через музейный актив и добровольных помощников, в основном, — это ветераны войны и труда, учащиеся, педагоги, постоянные дарители музея.